正直言ってこの問題は一番面倒です。まず、２つのことを確かめましょう。
１つは発生場所です。もしかしたら畳の上を「歩いている虫」を発見したのかも知れません。
もう１つは、その「虫の特定」です。虫の種類によって駆除の仕方が違います。

安全な方法は、実は畳屋でも保健所でもなく、害虫処理業者に依頼をすることです。
今までも、畳に虫がでていると言う苦情で伺ってみると、原因は枕だったりぬいぐるみだったりする場合があります。
こうなると、確実に発生原因と虫の種類を特定する必要がありますね。

針を刺すタイプの殺虫剤はあまりお薦めできません。